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全书共五卷，依《孙子兵法》十三篇：始计、作战、谋攻、军形、兵势、虚实、军争、九变、行军、地形、九地、火攻、用间，融汇诸家解说而成。此本大致为明翻刻万历四十八年闵于忱松筠馆朱墨套印本。
书中内容分为四部分：一、引录《孙子》十三篇的原文；二、每篇下首列曹操原注；三、附以李贽评语；四、选摘《武经七书》中其它六部兵书与《孙子》本篇内容相近的节段，谓之『参同』。是书以其独特的结构形式，把主要兵家的一些基本观点汇集在一起，并附有李贽本人的评论和解说。所采注释，列曹操、李筌、杜牧、王晳、张预、贾林、梅尧臣、陈皞、杜佑、孟氏、何氏、解元、张鏊、李材、黄治徵十五家。所采批评，列苏洵、王圻、唐顺之、王世贞、陈深、李贽、梅国桢、焦竑、郎文焕、陆宏祚十家，而卷中不尽见。卷中所见如茅坤、王鏊之类，卷首又不列名。其凡例称卓吾子以《吴子》、《司马法》、《李靖问答》、《六韬》、《三略集》其品类，分列十三篇后，今悉总之。又称今旁集诸书，广采事实，以补前人所未备。又称批点悉系凤洲、了凡原笔，而评则苏、王诸家并存。
