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《祝由科》或名《秘诀奇书》，为海内外罕见的钞本。《祝由科》五册，未分卷，惟封面分为乾、元、亨、利、贞册。卷首云：「此书原碑已入御库康熙十三年御纂十三科内矣，乾隆六年徐焯先生尚存于后」，可见此书成于清初之前。其主要内容为命理、术数（内含大量符咒）。
乾册〈祝由后集法制补录〉一文，记述宋朝淳熙戊申节度使雅奇奉命治理黄河，掘出刻有五十八秘字的石碑，张姓道士解密并传之，以此治病「其应如响」。明朝景泰间临清徐景辉以此济世，门庭若市。乾册又有〈合录祝由科符篆后序〉，作者张樽指出，雍正甲辰年平安生以《祝由科》见示，符草续断多矣，字置颠倒，字样差谬，经沉长发出所藏秘本校雠之后摩写而成。据此，本书部分内容或早于清初，由于五册内容不甚连贯，符籙、禁咒形式亦多纷歧，疑为藏书者将来源不同的文本分别摹写之后，集为一帙。 祝由透过祝祷、符籙或禁咒、仪式等方法，达成「移精变气」效果，不但能解决身体病痛，与小儿夜啼、妇女胎产、意外伤害、虫兽咬伤等，亦可「满水招财」、「神符绝鼠」、「吹毛为虎」或「空中飞行」等。《祝由科》利册还将医疗分为大方脉科、风科、产科、眼科、小儿科、口齿咽喉科、外科、伤折科、耳鼻科、疮肿科、金簇科与书禁科，各科均有当值天医。
